حفاظت و مرمت آثار تاريخي–فرهنگي به عنوان زمينه‌اي براي ارتباط فعاليتهاي مختلف در يک بستر واحد همواره با حوزه اجرايي و پژوهشي گسترده‌اي روبرو بوده‌است. اين ويژگي باعث مي‌شود تا فعاليتها در اين زمينه با گرايش و تمرکز بر موضوعي خاص، چون جنسيت آثار هدايت شود. اين برخورد تخصصي کليد موفقيت و بالابردن بازدهي و بهره‌وري در حفاظت و مرمت ميراث فرهنگي است. با چنين ديدگاهي پژوهشکده حفاظت و مرمت آثار تاريخي–فرهنگي نيز از سال 1379 اقدام به تشکيل گروههاي تخصصي در ساختار اصلي خود نموده‌است. وظايف اجرايي اين گروهها بر اساس وظايف اصلي و محوله به پژوهشکده در زمينه‌هاي اجرايي، پژوهشي و ستادي تعريف شده و بر اساس تنوع جنسيت اشياء و آثار با شش عنوان زير به فعاليت خود ادامه مي‌دهند:

گروه حفاظت و مرمت بافته‌ها گروه حفاظت و مرمت آثار فلزی گروه حفاظت و مرمت کاغذ و نسخ خطی
گروه حفاظت و مرمت آثار سفالین و شیشه‌ای گروه حفاظت و مرمت تزئینات وابسته به معماری گروه حفاظت و مرمت نقاشی